La Secretaría Ejecutiva es un órgano ejecutor, cuya función principal es poner en práctica las decisiones tomadas por la Instancia Coordinadora de la Modernización del Sector Justicia, así como proporcionarle asesoría, apoyo operativo, consultivo y administrativo.

La Secretaría Ejecutiva de la ICMSJ, fue creada el 26 de mayo de 1,998, mediante un convenio interinstitucional, firmado por la Instancia Coordinadora de la Modernización del Sector Justicia, y según Decreto 89-98 del Congreso de la República de Guatemala, se le reconoce personalidad jurídica.

La Secretaría Ejecutiva es un órgano ejecutor, cuya función principal es poner en práctica las decisiones tomadas por la Instancia Coordinadora de la Modernización del Sector Justicia, así como proporcionarle asesoría, apoyo operativo, consultivo y administrativo. Tiene facultades para materializar los programas y proyecto que se le asignen, además de propiciar la coordinación y evaluación general, de las acciones realizadas en forma conjunta a nivel intersectorial.