La Secretaría Ejecutiva es un órgano ejecutor, cuya función principal es poner en práctica las decisiones tomadas por la Instancia Coordinadora de la Modernización del Sector Justicia, así como proporcionarle asesoría, apoyo operativo, consultivo y administrativo. Tiene facultades para materializar los programas y proyecto que se le asignen, además de propiciar la coordinación y evaluación general, de las acciones realizadas en forma conjunta a nivel intersectorial.
La Secretaría Ejecutiva de la ICMSJ, fue creada el 26 de mayo de 1,998, mediante un convenio interinstitucional, firmado por la Instancia Coordinadora de la Modernización del Sector Justicia, y según Decreto 89-98 del Congreso de la República de Guatemala, se le reconoce personalidad jurídica.
En los primeros años de su administración la Secretaría contribuyó a la construcción de cinco Centros de Administración de Justicia -CAJ- ubicados en 4 departamentos del occidente del país, en zonas que fueron duramente golpeadas durante el conflicto armado interno siendo estos: CAJ Ixchiguán, San Marcos, CAJ Santa Eulalia, Huehuetenango, CAJ Nebaj, Quiché, CAJ Playa Grande, Ixcán, Quiché, CAJ Santiago Atitlán, Sololá, zonas geográficas con prevalencia de población vulnerable y altos índices de violencia intrafamiliar, inseguridad e injusticia social.
Los Centros de Administración de Justicia -CAJ- fueron creados como una respuesta a los compromisos adquiridos por el Estado en los Acuerdos de Paz, para fortalecer el acceso a la justicia, con la integración de las diferentes instituciones del sector justicia y seguridad de manera coordinada, con el propósito de proporcionar a la población servicios de justicia en forma eficiente y accesible desde el punto territorial y cultural.